本部門では海洋エネルギー利用に資する工学と水産学の科学技術の研究開発を行っています。^（図１）
メカトロニクス分野は工学技術の研究を行い、海洋エネルギー機器やその利用に必要となるロボットとIoTの開発に注力しています。
海洋ロボット、海洋発電、海底ケーブル、浮体係留索、海中充電、構造物検査ロボット、環境対策自律船、海中モニタリングシステム、海洋機械の製造や故障診断のためのIoT技術など、開発対象は多岐に渡っています。

海洋水産応用科学分野は海洋環境・生態系の保全と経済的な持続性が確保された次世代水産業を構築するために、海洋エネルギーや関連施設を利用する漁業、養殖業、水産加工業などの海洋・水産技術の開発や研究に、様々な分野の研究者と協力して取り組んでいます。また、インテリジェント養殖などの次世代水産システムの研究開発にも着手しています。

英国エジンバラ大学、ヘリオットワット大学、スターリング大学、オランダデルフト工科大学等とMOUを締結し、高度で実用的な研究と人材育成にも尽力しています。